合同中存在涂改痕迹是否有效，关键在于涂改内容是否为双方协商后的意思。
如果在合同签订后，一方为了己方利益，采取非法手段控制他人、盗窃合同进行合同修改或伪造的，合同修改部分无效，维持原合同约定内容。
但如果是经双方协商一致后，对原合同进行修改或补充的，且存有双方公章或手印的则视为有效。
因此，在合同签订之后，任何一方想要进行合同修改的，必须告知对方，经双方协商一致同意后，重新签订合同或在原合同相应条款作修改或补充，并在修改地方加盖双方公章才有效。(个人之间的合同则需要双方签字按手印）。
【法律法规】
《中华人民共和国民法典》第五百四十三条: 当事人协商一致，可以变更合同。
《中华人民共和国民法典》第一百四十三条: 具备下列条件的民事法律行为有效：
（一）行为人具有相应的民事行为能力；
（二）意思表示真实；
（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
